本所成立於民國80年8月，由邵廣昭教授擔任第一任所長，初期僅招收碩士班，嗣後於民國84年8月獲教育部核准成立博士班。

本所於民國84年8月整併本校共同科的『普通生物教學小組』，由本所負責本校普通生物學與普通生物學實驗之教學工作。

民國88年1月，電顯中心由學院移轉至本所，並在民國90年正式在本所成立，營運管理至今。民國91年負責籌設「海洋生物多樣性學程」，以整合本校與海洋生物相關之大學部基礎課程，使修課學生獲得完整之海洋生物教育。

本所專兼任教師均具有博士學位，研究專長涵蓋海洋生物之病毒、微生物、浮游植物、浮游動物、海洋真菌、海洋無脊椎動物、海藻及魚類等各領域，同時亦各兼具動物生理、行為、族群遺傳與演化、分子生物、生物統計、系統分類、生態等不同學門的專長，而且都兼備理論與實務經驗，可以傳授學生完整之海洋生物知識。因此，本所師資的數量與素質可滿足教學和學生學習需求。

本所積極從事海洋生物基礎研究，推動國內外學術研究合作，以提昇我國海洋生物研究之水準與國際知名度。因本所設立宗旨主要在培育基礎海洋生物之高水準研究、教學與管理之人才，故以投入海洋生物分類、生態、生活史、演化、資源狀況與保育等各方面之研究為目標，並鼓勵師生參與國內外學術活動及發表研究成果於國際知名的學術期刊，藉以推動本所成為國際公認的著名研究所。

歷任所長名錄

1.邵廣昭 教授（80.8—83.7）

2.劉秀美 教授（83.8—86.7）

3.黃將修 教授（86.8—89.7）

4.程一駿 教授（89.8—92.7）

5.陳天任 教授（92.8—95.7）

6.張　正 教授（95.8－98.7）

7.陳義雄 教授（98.8－104.7）

8.陳歷歷 教授（104.8－107.7）

9.呂健宏 副教授（107.8－110.7）

10.彭家禮    教授（110.8－113.7）

10.邵奕達    教授（113.7－迄今）