1.海洋生物之基礎生物學，每位學生應對海洋生物有綜合性的認識與概念，本所之必修課程有專題討論海洋生物學特論、海洋生態學及海洋生物調查技術

  使學生對基礎理論及技術有了一般性的認知後再進一步學習各實驗室的專門領域，期能符合教學目標與特色。

2.於海洋微生物、浮游植物、浮游動物、海洋真菌等微細海洋生物方面有開設有很多之專業課程究，不使學生僅侷限於中大型海洋生物之學習。

3.開設有魚類及甲殼類生態、演化與系統分類之相關課程，使學生對海洋中最常見的一群生物有深入的瞭解。

4.海洋環境保護為全球重要課題，本所設有海洋生物資源之保育課程，討論海洋生物資源之永續利用經營的原則及方式以了解如何達到資源保育的目的。

5.海生所設有環境復育課程，利用微生物淨化污染達到復育環境的目的。

6.海生所設有電子顯微鏡中心，開設有初、中、進階的電子顯微鏡認識及應用課程，訓練學生具應用電子顯微鏡技術之技能。

7.課程設計重視理論與實際應用之結合，使學生未來在工作上得以學以致用。

歷年課表